細菌de novo測序

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探究無限神奇的過去與未來

細菌基因組研究,是通過基因組測序和組裝獲得細菌全基因組序列,
并對其進行結構和功能研究的方法。依據研究目標所需精細程度的不同,我們提供了細菌框架圖、
精細圖和完成圖三種不同的解決方案。通過對這些細菌測序研究,
我們可以更好地了解和掌控菌株的生理過程,讓細菌更好地為我們所用。

科學方案設計

從材料選取,建庫測序,到數據分析,每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。
多平臺的選擇,不同精細程度的細菌基因組測序方案,適用不同研究背景,
為您量身定制最適宜的細菌基因組解決方案。

產品 測序平臺 測序策略 組裝指標 適用范圍 項目周期
細菌框架圖 Illumina PE150 350 bp文庫 ≥ 100 X 大規模測序
快速掃描
30個自然日
細菌完成圖 PacBio或Nanopore 10 Kb 文庫 ≥100 X 1 contig
0 Gap
少量菌株測序
精確到位
45個自然日

信息分析

分析內容=標準分析+高級分析。
不同精細程度的細菌基因組信息分析,解密細菌的發展歷程,探究其潛在價值。

基因組組裝 基因組組裝及結果評估 組裝獲得高質量的基因組序列
基因組結構研究 編碼/非編碼基因預測 預測編碼/非編碼基因信息
重復序列分析 分析基因組重復序列結構
基因島預測 預測基因組內基因島結構
前噬菌體預測 預測基因組前噬菌體序列
CRISPR 預測 對基因組進行 CRISPR 預測
基因基本功能注釋 常見功能數據庫注釋
(NR、GO、COG、KEGG、SwissProt、Pfam、TCDB、CAZy)
通過常見權威數據庫解釋編碼基因功能
全基因組功能圈圖展示(精細圖/完成圖) 全面總覽基因組組分情況
基因組甲基化修飾分析(完成圖) 總覽基因組甲基化修飾情況
菌株致病相關研究 分泌系統效應蛋白、病原與宿主互作、分泌蛋白、次級代謝產物基因簇 從胞外分泌、宿主互作等機制解釋菌株致病性
細菌致病菌毒力因子和耐藥基因注釋(VFDB、 ARDB、CARD ) 毒力因子及致病性相關基因

深入到位的數據挖掘

不論是個體深入變異解析,還是群體進化歷史解讀,我們都有完備的解決方案,
為您解決關心的生物學問題。

研究目標 應用技術 解決問題
個體深入變異解析 基因組間共線性分析 基因組一對一共線性比較
尋找基因組間同源序列
基因組間變異檢測 以共線性區域為基礎
全面解析基因組間變異信息
群體進化歷史解讀 Core-pan基因解析 構建Core-pan基因集合
單拷貝基因用于進化分析
進化樹構建、ANI、cgMLST 構建菌株間進化關系
解析菌株起源傳播規律

悅讀高質量測序數據,盡享HPC澎湃動力

細菌基因組測序采用先進的Illumina測序平臺,快速、高效地讀取高質量的測序數據。
諾禾致源高性能計算平臺(High Performance Computing,HPC)采用DELL計算節點和Isilon存儲的高效組合,
實現快速穩定的測序數據分析及交付。隨著公司業務的發展,高性能計算平臺將會持續更新并擴容,
以保證高效的數據處理和安全的數據存儲。

出色完成每一個項目環節

諾禾致源微生物客戶遍布全球,截止2019年6月,已發表20余篇微生物基因組文章,
細菌基因組完成樣品數超過上萬個,項目合作領域涵蓋了動植物致病菌、工業菌、益生菌、環境菌株等廣泛領域。
“科學的方案設計,嚴格的質控管理,專業的分析團隊,豐富的項目經驗,優質的項目服務”
確保每一個環節都能出色完成,助力科學研究。

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